Theo dự thảo, các khoản thu nhập được miễn thuế gồm: thu nhập từ hoạt động giáo dục, đào tạo, nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ và các dịch vụ phục vụ, hỗ trợ hoạt động giáo dục; lãi tiền gửi ngân hàng; kinh phí Nhà nước đặt hàng hoặc giao nhiệm vụ. Trường hợp phát sinh các khoản thu nhập khác cần được miễn thuế sẽ do Chính phủ quy định.
Tuy nhiên, trong trường hợp cơ sở giáo dục công lập, cơ sở giáo dục tư thục hoạt động không vì lợi nhuận sử dụng phần thu nhập được miễn thuế quy định tại khoản này không phải để đầu tư phát triển cơ sở giáo dục theo quy định của pháp luật về giáo dục, về giáo dục đại học, về giáo dục nghề nghiệp thì phải thực hiện kê khai và nộp thuế đối với phần sử dụng không đúng quy định.
Nếu thực hiện rút vốn hoặc chia lợi tức thì phải nộp lại toàn bộ tiền thuế đã được miễn theo quy định tại khoản này và tiền chậm nộp, tiền phạt (nếu có) thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
Việc xác định cơ sở giáo dục công lập, cơ sở giáo dục tư thục hoạt động không vì lợi nhuận thực hiện theo quy định của pháp luật về giáo dục.
Theo Bộ Tài chính, quy định mới này nhằm thể chế hóa chủ trương của Đảng về giáo dục và đào tạo, trong đó có Hiến pháp năm 2013 quy định Nhà nước ưu tiên đầu tư và thu hút các nguồn đầu tư khác cho giáo dục; Nghị quyết số 71-NQ/TW của Bộ Chính trị về đột phá phát triển giáo dục và đào tạo; luật Giáo dục năm 2019 được sửa đổi, bổ sung bởi luật Giáo dục năm 2025 và nhiều văn bản quy phạm pháp luật khác khuyến khích đẩy mạnh xã hội hóa giáo dục đào tạo.
Hơn 3.900 cơ sở giáo dục ngoài công lập và bài học từ chính sách ưu đãi của nhiều quốc gia
Từ thực tiễn đó, Bộ Tài chính cho rằng cần điều chỉnh chính sách ưu đãi theo hướng tạo môi trường cạnh tranh bình đẳng giữa các cơ sở giáo dục, qua đó nâng cao hiệu quả xã hội hóa và mở rộng khả năng cung ứng dịch vụ giáo dục chất lượng.
Đề xuất này cũng phù hợp với xu hướng quốc tế. Nhiều quốc gia như Mỹ, Anh, Đức, Pháp, Hà Lan, Trung Quốc, Hàn Quốc, Indonesia và Hồng Kông đều áp dụng các cơ chế ưu đãi về thuế hoặc hỗ trợ tài chính đối với cơ sở giáo dục phi lợi nhuận. Hình thức hỗ trợ khá đa dạng, từ miễn hoặc giảm thuế thu nhập, thuế bất động sản, thuế sử dụng đất đến hỗ trợ vốn vay, trợ cấp đầu tư cơ sở vật chất và thúc đẩy hợp tác công - tư.
Điểm chung trong chính sách của nhiều nước là chỉ đánh thuế đối với các hoạt động mang tính thương mại, đồng thời gắn các ưu đãi thuế với yêu cầu tái đầu tư lợi nhuận cho mục tiêu giáo dục, bảo đảm công khai, minh bạch trong quản lý tài chính và sử dụng nguồn lực.
Kinh nghiệm quốc tế cho thấy ưu đãi thuế là một công cụ quan trọng để khuyến khích phát triển giáo dục ngoài công lập, đặc biệt đối với mô hình không vì lợi nhuận. Tại Việt Nam, nếu chính sách được thiết kế phù hợp với điều kiện thực tiễn và đi kèm cơ chế quản lý hiệu quả, đây sẽ là bước đi quan trọng nhằm mở rộng nguồn lực xã hội cho giáo dục, tạo thêm cơ hội tiếp cận dịch vụ giáo dục chất lượng cho người học, đồng thời thúc đẩy hệ thống giáo dục phát triển bền vững trong dài hạn.